Jelita człowieka są środowiskiem bytowania ogromnej liczby różnorodnych mikroorganizmów, w tym bakterii, wirusów czy grzybów, określanych mianem mikrobioty jelitowej. Mikrobiota jelitowa zdominowana jest przez bakterie reprezentowane przez ponad 500 różnych gatunków, których liczba jest ponad 10-krotnie wyższa aniżeli całkowita liczba komórek tworzących przewód pokarmowy człowieka. Ten złożony ekosystem jelitowy podlega nieustannym zmianom, wpływając nawet na organy i narządy pozornie niezwiązane z przewodem pokarmowym.