IBS jest chorobą o wieloczynnikowej etiologii, której głównym mechanizmem patogenetycznym jest rozregulowanie osi jelita–mózg. Objawy obejmują głównie zaburzenia przewodu pokarmowego wynikające z dysbiozy mikrobioty jelitowej oraz nadwrażliwości trzewnej. Jednak pacjenci zgłaszają również objawy pozajelitowe i często spełniają kryteria diagnostyczne dla innych zaburzeń czynnościowych. Często występują u tych pacjentów problemy emocjonalne, depresja oraz lęki. W odniesieniu do złożonej etiologii i cech klinicznych IBS należy zastosować podejście holistyczne zarówno na etapie diagnostycznym, jak i na etapie leczenia.